Het gewest heeft als bestuursorganen het algemeen bestuur, het dagelijks bestuur en zes verschillende portefeuillehoudersoverleggen, op de werkterreinen: Ruimtelijke Ordening c.a. en Verkeer en Vervoer, Wonen Welzijn Zorg (WWZ), Milieubeheer, Economie en Werk, Gezondheidszorg en Algemene Zaken. 

 

De gemeenten zijn in het bestuur van het gewest vertegenwoordigd via een bepaalde verdeelsleutel (per 10.000 inwoners). De spelregels voor de samenwerking zijn opgenomen in de Regeling gewest Gooi en Vechtstreek. Daarin is ondermeer opgenomen dat er op de verschillende werkterreinen vaste overleggen zijn van de wethouders van de gemeenten.

Deze zogenoemde portefeuillehoudersoverleggen vinden eens in de vier tot zes weken plaats. Tijdens deze overleggen maken de wethouders van de deelnemende gemeenten zonodig beleidsafspraken, zorgen dat er gezamenlijke projecten worden uitgevoerd en stemmen activiteiten in de regio op elkaar af.